Сергей Шахворостов родился в 1924 году в селе Евгеньевна Алма-Атинской области в крестьянской семье. Детские годы прошли в Алма-Ате. После окончания 7 классов поступил в школу ФЗО. Трудовая деятельность Сергея Шахворостова началась на Московском авиационном заводе.
В 1942 году отправился на фронт.
За беспримерное мужество, проявленное при форсировании Днепра, Указом Президиума Верховного Совета СССР от 22 февраля 1944 года С. М. Шахворостову присвоено звание Героя Советского Союза.
В декабрьские дни 1942 года красноармеец Сергей Шахворостов прибыл в 89-ю стрелковую дивизию, принимавшую участие в боях по уничтожению трехсоттысячной группировки немецких войск, окруженных под Сталинградом. Его зачислили в саперный взвод, стали учить сложному и опасному саперному делу. Кончились занятия. Шахворостов получил боевое задание: заминировать два холма на подступах к передовой.
Ночью в траншеях услышали грохот на нейтральной полосе:на минах,поставленных саперомШахворостовым, подорвались три танка противника. Вскоре товарищи поздравляли Сергея с первой наградой — медалью «За отвагу».
Во время форсирования Днепра Сергей Михайлович проявил редкостную находчивость, величайшую выдержку и мужество. Взводу было приказано обеспечить переправу передового отряда на правый берег. Накануне форсирования реки отделение Шахворостова километрах в двух от части нашло испорченную резиновую лодку и отремонтировало ее. Сделали из досок несколько плотов. Ночью Шахворостов под сильным огнем противника первым с отделением разведки на небольшой лодке переправился на правый берег Днепра. Высадив бойцов, которые тут же вступили в жаркую схватку с фашистами, он возвращался за очередной группой десантников. Пулеметной очередью лодка была пробита. Находчивый сапер не растерялся, добрался до берега, наскоро заделал пробоины и продолжал переправу. Шахворостов со своим отделением за ночь сделал 8 рейсов, переправив на правый берег Днепра 50 солдат и 30 ящиков боеприпасов.
Под яростным огнем врага в течение семи суток отважный командир саперного отделения Сергей Михайлович Шахворостов переправлял через Днепр войска, боеприпасы, продовольствие. Этот ратный подвиг солдата получил всенародное признание: С. М. Шахворостову присвоено звание Героя Советского Союза.
В декабре 1943 года С. М. Шахворостов был тяжело ранен и после длительного пребывания в госпитале демобилизован по состоянию здоровья. После войны окончил строительный техникум и ныне работает в одной из строительных организаций города Алма-Аты.