Управление в Казахстане осуществлялось на основе специальных узаконений царского правительства. В 1891 году «Временное положение об управлении степных областей 1868 года» было переиздано в развитом виде и носило характер постоянно действующего закона. На основе положения 1868 года области были разделены на уезды, во главе которых стояли уездные начальники. Областями управляли военные губернаторы, при которых создавались областные управления. Во главе края стояли генерал-губернаторы. Должности старших и волостных султанов, а также их приказы были упразднены. Казахское «самоуправление» было сужено и построено на новых началах.
В основу административного деления края был положен территориальный принцип. От 100 до 200 кибиток казахов, имевших «совместное поземельное пользование», составляли аулы (старшинства), а несколько аулов от 1 до 2 тысяч кибиток образовывали волости, несколько волостей, соседсгвенных по расположению зимовых пастбищ, объединялись в уезды, а уезды — в области. Земли, занятые казахами, были признаны «государственной собственностью» и предоставлены лишь «в бессрочное общественное пользование кочевникам». Ясак заменялся кибиточной податью. Была сохранена лишь видимость казахского «самоуправления», которая заключалась в том, что при неограниченной власти губернаторов и уездных начальников во главе волости был поставлен волостной управитель, а во главе аула — аульный старшина из коренного населения, которые избирались на местах каждые три года. Управителей и старшин казахское население обязано было содержать за свой счет. Кроме того, на него возлагались тяжелые земские повинности: исправлять мосты, содержать и обслуживать почтовые тракты, предоставлять транспортные средства для чиновников и войск. Суд создавался и действовал по законам Российской империи: лишь только мелкие уголовные дела оставались в ведении суда биев, любое решение которого могло быть обжаловано в русский суд. Была введена полиция и паспортная система. Так создавался военно-бюрократический аппарат, приспособленный к колониальному господству царизма.
В институте «туземной администрации» — волостных управлений, аульных старшинств, суда биев и т. п., состоявшем из верхушек эксплуататорских классов аула, выражался союз между царским самодержавием и байством, игравшим роль опоры русского военно-феодального империализма. Опираясь на феодально-байскую верхушку аула и используя ее как свое орудие, царские колонизаторы намеренно сохраняли патриархально-феодальные формы хозяйства и быта, тормозили и подавляли развитие прогрессивных сторон жизни народа.
После постройки железных дорог, более тесно связавших Казахстан с Центральной Россией, к прежним способам прямого военно-феодального грабежа населения методами первоначального накопления капитала прибавились новые колониально-капиталистические способы хозяйственной эксплуатации Казахстана. Особенно сильно развилось железнодорожное строительство в Казахстане в 90-х годах с постройкой железных дорог в Сибири и Средней Азии. Грандиозные железнодорожные магистрали, такие, как Великая Сибирская дорога и Закаспийская дорога, способствовали включению Казахстана в общероссийский капиталистический рынок. Самая крупная из них, Сибирская магистраль, была доведена до Новосибирска в 1896- году. Следующая, Средне-Азиатская магистраль от берегов Каспия доведена до г. Самарканда в 1888 году и до г. Ташкента—в 1898 году; железная дорога от Саратова до Уральска построена в 90-х годах; железная дорога от Оренбурга до Ташкента закончена строительством в 1905 году. До социалистической революции на территории Казахской ССР было построено всего 2 365 километров железных дорог. Несмотря на наблюдаемую местами нерациональность размещения путей, на оставшийся невыполненным настоятельно необходимый план соединения Семиречья с Туркестаном и Сибирью, железные дороги явились действенным фактором ;в движении русского капитализма на Восток, в том числе и в Казахстане Они оказали могучее влияние на новое размещение производительных сил капитализма, более рациональное сравнительно с крепостнической эпохой, на приближение источников сырья и рынков сбыта к центрам капиталистической промышленности. Они же содействовали и экономическому освоению Казахстана, являясь тем минимумом строительной работы, который необходим «как для военного господства в. стране и обеспечения бесперебойного действия налогового пресса, так и для надобностей торговли империалистической страны».