Наконец, пигментация опухолей этих двух групп представляет также отличия. Пигмент, связанный с эпителиальными структурами, придает ткани густое, черное окрашивание. Пигмент имеет почти черный цвет по сравнению с коричнево-желтым пигментом отростчатой хроматофорной клетки, при наличии которого опухоли обладают нередко также насыщенной пигментацией. Особо густо окрашены эпителиальные опухоли второй труппы, и разобрать структуру в них невозможно. После депигментации обнаруживается сплошь и рядом дистрофическое состояние ткани, доходящее до полного некроза. Клетки представляются разбухшими, в несколько ваз увеличенными, ядро теряется и кажется маленьким среди увеличенной во много раз цитоплазматической массы. Нередко наблюдается сплошная бесклеточная масса, свидетельствующая о состоянии не только дистрофии, но и некроза. Чем большую пигментацию имеет опухоль, тем все эти явления выражены резче. Создается впечатление, что это происходит в результате насыщения ткани пигментом, вследствие чего наступает своеобразная дистрофия, а затем и полный некроз опухоли.
Это особо демонстративно в тех опухолях, где имеется смешанная структура, где наравне с другой — невусной, или отростчатой, — наблюдается участки указанной эпителиальной структуры. В таких случаях на фоне мало пигментной или даже беспигментной отросчатой структуры опухоли эти участки выделяются в виде черных отграниченных островков или дорожек, ткань в которых совершенно тушуется обилием пигмента. После депигментации они оказываются состоящими из элементов эпителиальной структуры второго типа, вклинивающихся в другую ткань опухоли. Именно в смешанных опухолях нами впервые было обращено внимание на особенности указанной эпителиальной ткани, в дальнейшем подтвердившиеся исследованиями многочисленных опухолей.