Патоморфологические изменения в ОТИ, из которых выделены нерпа Муха, занимают особое положение. Если в остаточных очагах-, из которых выделены типичные формы, смесь кислою – и некислотоустойчивых форм и кислотоустойчивые зернистые формы микобактерий, сохраняется малое туберкулезное воспаление, ie при переживании в ОТИ зерен Муха признаков специфической гранулемы обнаружить не удается.
Творожистый некроз в рубцах 0, 2—0, 3 см в диаметре не обнаруживается, что является одним из их отличительных признаков. Рубцы антракотичны, васкуляризированы, с наличием большого количества артерий замыкающего типа и диффузной гистио-цитарно-лимфоидной реакцией. При этом на фоне очагового склероза, пролиферации гистиоцитов, фиброцитов и лимфоидно-клеточных элементов выявляются единичные фиброзированиые бугорки неправильной округлой формы, состоящие из макрофагов, гистиоцитарных элементов и эпителиоидных клеток. Вокруг таких заживших туберкулезных бугорков имеется широкая лимфоидно-гистиоцитарная зона.
Лимфотропизм рубца (связь с плеврой) и бугорковая архитектоника сохранившихся в рубце структур свидетельствуют о его туберкулезной этиологии, но клеточный состав рубца имеет неспецифический пролиферативно-гиперпластический характер. Появление признаков неспецифического продуктивного воспаления в таком остаточном туберкулезном рубце связано с выраженными изменениями свойств персистирующего в нем возбудителя, т. е. зерен Муха.