Толеген Айбергенов родился В 1937 году в Кунградском районе Кара-Калпакской АССР в семье колхозника. После средней школы поступил на историко-филологический факультет Ташкентского государственного педагогического института имени Низами, который окончил в 1959 г. Работал преподавателем русского языка и истории в школах родного района, затем директором школ рабочей молодежи в Сары-Агачском районе Чимкентской области.
Впервые стихи Толегена Айбергенова появились в печати в 1957 году; первая книга «Путь мечты» увидела свет в 1963 г. За ней последовала вторая — «Путешествие в жизнь» (1965). Третья книга поэта — «Минареты в песках» (1968) вышла посмертно.
Толеген Айбергенов умер в 1967 году.