Эндотелий сосудов гипертрофируется, пролиферирует. Очаговая лимфоидно-клеточная реакция развивается на фоне пролиферации гистиоцитов, ретикулярных клеток, альвеолярных макрофагов и диффузной лимфоидно-клеточной инфильтрации межальвеолярных перегородок, которые расширяются. Просветы альвеол суживаются. Лимфоидно-ретикулярная пролиферация может резко усиливаться, сопровождаясь активной гиперемией и снижением воздушности легочной ткани. Формируются очаги лимфоидно-ретикулярной и макрофагальной пневмонии, в глубине которой как бы тонут лимфоидно-клеточные скопления. Неспецифическая пневмония имеет кортикальное расположение и распространяется на плевру, которая утолщается. У свинок нередко возникает экссудативный плеврит и гиперплазия мезотелия.
Пневмония у морских свинок носит летучий характер: от пассажа к пассажу она может то исчезать, то вновь появляться. Она может сопутствовать и параспецифическим изменениям в легких, и ограниченным продуктивным туберкулезным изменениям. Туберкулезные изменения при пассажах субстрата ОТИ, в которых вегетируют стабильные L-формы микобактерии, либо ограничиваются местом инокуляции гомогената, либо формируют единичные продуктивные бугорки в различных органах, особенно в легких и печени.
В месте введения гомогената (яичко или кожа) формируются фиброзные пигментные рубчики, содержащие скудную макрофагальную и эпителиоидно-клеточную грануляционную ткань. Но может возникать и абсцедирование с гнойно-некротическим расплавлением в глубине и грануляционным валом вокруг, состоящим из макрофагальных элементов со светлым округлым ядром и эпителиоидных клеток.
В кортикальных зонах легких возникают отсевы — единичные мелкие бугорки неправильной звездчатой формы, состоящие из большого количества лимфоцитов, гистиоцитов, крупных макрофагов с гипертрофированным округлым светлым ядром и эпителиоидных клеток, количество которых в бугорках колеблется. Бугорки могут приобретать преимущественно эпителиоидно-макрофагальную структуру.
Следует обратить внимание на то, что в легких животных, которым введены субстраты ОТИ, отнесенные к вялой реактивации, формируются более распространенные конгломерирующие продуктивные туберкулезные бугорки, чем у морских свинок при пассажах неактивных ОТИ.